在未来世界,由于西太平洋突然出现的飓风“GROUND ROAR”，世界的气候发生了很大的突变。随之影响而带来海平面上升、海流变化、气候变动等等。给世界各国带来严重的损失，特别是亚洲区。这场被称为“OMEGA之变”，给人类带来了历史性的伤痛。　　“GROUND ROAR”发生后的五十余年，人类呕心沥血努力复兴世界，再次认识到海洋航线的重要性，由此迎来第二个大航海时代。可是在海洋发展的另一方面，现代化的、组织化的恐怖分子（也就是“海盗”），也开始得势。为面对这种威胁，民间企业也自发组织自己的武装自卫机关。本故事是以一群民间护卫舰队上的少女与海盗之间展开。